男性生殖系统疾病有先天性和后天性引起，先天性生殖系统疾病表现为先天性生殖系统发育异常，先天性发育异常可导致男性不育症，主要表现有以下几类：

　　(1)先天性小阴茎，阴茎是男性的夫妻生活器官，先天性阴茎发育异常均可影响夫妻生活活动，严重者将导致不育。先天性阴茎发育异常并不多见，临床常见的有先天性阴茎不发育、隐匿阴茎、异位阴茎和小阴茎。先天性阴茎不发育、隐匿阴茎临床上表现为无勃起和夫妻生活能力。对这种罕见的先天性发育异常引起的男性不育症已无治疗价值。异位阴茎多伴有尿道下裂，临床上在治疗尿道下裂的同时可做矫正手术。先天性小阴茎是造成男性不育的一种重要的先天性阴茎发育异常疾病，指男性进入青春期后阴茎仍处于儿童型状态，阴茎外形正常，只是阴茎过小，长度小于5厘米，多伴有睾丸异常和其他潜在的内分泌功能不足。

　　(2)隐睾：胚胎时期，睾丸在腹腔内生成，在胎儿发育过程中睾丸逐渐下降。到出生时，大多数睾丸已降入阴囊中，10％～15％的婴儿出生时睾丸没有降入阴囊内，其中大多数在1周岁内能自然发育，自行下降至阴囊。婴儿满1周岁，单侧或双侧睾丸未下降，停留在腹腔内或腹股沟管，就叫做隐睾。据统计，隐睾停留在腹腔者约25％，停留在腹股沟管者约70％，停留在阴囊上部及其他部位者约5％，单侧隐睾者多见，左右大致相等，双侧者约占10％，其中个别病例，可能伴有睾丸缺如。双侧睾丸未降者多不育，如经双侧睾丸固定术后，44％婚后可生育。单侧隐睾，经睾丸固定术后75％可生育。隐睾小儿的生殖细胞从2岁开始发生不可逆的损害。因此，无论是单侧或者双侧隐睾，为避免日后影响生育、恶性变以及扭转等情况的发生，都应在2岁之前治疗。

　　(3)尿道下裂，尿道下裂较常见，发病率约为8／1 0000而尿道上裂较少见，发病率约为1／10万。尿道下裂根据尿道开口位置的不同分为冠状沟型、阴茎型、阴茎阴囊型和会阴型。其中冠状沟型多见，约占87％。男性尿道是精子排出体外的必经之路，正常开口于阴茎头的前中部，这种解剖位置有利于夫妻生活时将精子射入女性阴道内，使之有机会受孕。若尿道开门发生先天性异常，一方面妨碍夫妻生活，另一方面虽有夫妻生活活动也难以将精液射入女性阴道内，以致不育。